染色质免疫沉淀技术（Chromatin immunoprecipitation assay, ChIP）是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质-DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白质结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。