ChIRP（Chromatin Isolation by RNA Purification）运用于研究RNA与DNA、RNA及蛋白质之间相互作用的实验。根据研究对象不同，ChIRP技术结合了高通量测序（ChIRP-Seq）和质谱技术（ChIRP-MS）分别研究与目标RNA互作的基因和蛋白质。

RNA纯化的染色质分离技术(Chromatin Isolation by RNA Purification，ChIRP)是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白的高通量检测方法。  其方法是通过设计生物素标记RNA互补探针，其与链霉亲和素结合，将目标RNA特异性结合的同时，特异性捕获RNA结合调控的DNA染色体片段及参与转录调控的RNA结合蛋白质(RBPs）。

①DNA染色体片段经过构建文库及高通量测序，可以基因组水平获得转录调控RNA（增强子RNA,eRNA）转录调控的下游靶基因，结合qPCR可以研究结合调控强度；

②RNA结合蛋白经过酶消化及高效液相-质谱分析，可以鉴定参与转录调控的蛋白质，结合western blot可以进一步研究结合作用强度 。